使学会纳威语也无法和纳威人直接交流，于是科学家们转向了克隆技术：他们将人类dna和navi人的dna结合在一起，制造了一个克隆navi人，这个克隆navi人可以让人类的意识进驻其中，成为人类在这个星球上自由活动的“化身”。然而并不是任何人都可以操纵这个克隆navi人，只有dna与他身上人类dna配型相符的人才有这样的能力。

  杰克·萨利的双胞胎哥哥是这个克隆navi的人类dna捐献者，他就可以操纵这个克隆navi人，然而他被杀死了，采矿的公司为了不让砸下去的钱白砸（克隆navi人价格不菲），必须找到一个可以代替他操纵克隆navi的人，这个人的dna还必须和其配型相符，于是他们自然就找到了杰克·萨利，杰克·萨利对此很高兴，因为那意味着他又能走路了。

  几年后，杰克·萨利到了潘多拉星球，他发现这里的美景简直无法用语言来形容，高达900英尺（约274米）的参天巨树、星罗棋布飘浮在空中的群山、色彩斑斓充满奇特植物的茂密雨林、晚上各种动植物还会发出光。就如同梦中的奇幻花园。不过很快他就体验到了这里的危险，一头死圣兽（潘多拉星球一种本土生物）与他狭路相逢，在逃命过程中杰克与队友失去了联系，在晚上的时候又被一群土狼袭击，杰克奋起战斗，在整个战斗的过程中杰克寡不敌众危在旦夕，危急关头中一支箭射死了毒狼，杰克得救了。救他的是navi族的公主，杰克从她口中了解到了更多潘多拉星球的知识。

  navi族人一直以来都与潘多拉星球的其他物种和谐相处，过着一种简朴天然的生活，杰克在和这个navi女孩的相处过程中逐渐转变了对人类来这里采矿的看法，他意识到已经找到值得为之战斗的东西了。

  不过杰克·萨利如果要加入navi族人对抗人类入侵者的战争，要付出很大的代价：他不能永远呆在“化身”中，当“化身”——克隆navi人睡觉时，他就会回到自己半身不遂的人类身体中，只有通过专门的连接设备才能重新回到“化身”中。一旦与自己的同胞为敌，他就失去了与“化身”结合的可能，只能困在残疾的身体里，并失去那个他越来越喜欢的navi女孩。

  最后，人类在利益的驱动下，派遣了战机去摧毁navi族人所生存的家园树，尽管杰克等人一再争取希望可以不要那么做，但是采矿公司还是决意要去摧毁。杰克与他们协商，自己去和navi族人交涉，让他们离开那颗大树，然而当他说明了一切之后，navi族人都很愤怒，特别是杰克喜欢的那个navi族人女孩也是很愤怒，navi族人就把杰克和一名女教授一起捆在了刑架上了。采矿公司派遣的战机发现他们协商失败了。于是就下令开火，摧毁了他们前进的障碍——navi族人赖以生存的那棵巨树，navi族人的领袖也被炮火炸死。

  没有了生存之地的navi族人被迫暂居神树之下。而杰克等人的正义行为因为和采矿公司的利益相冲，被他们关了起来。后来，他们借机驾机逃跑了，杰克骑着“魅影”到达了navi族人暂居的神树下，呼吁navi族人作出反抗，他终于又得到navi族人的信任。在他的呼吁下，他们联络了潘多拉星球上了其他民族的人，一起组建了一支几千人的反抗军，形成了陆空两路的防线。采矿公司的军队也发现了navi族人的反抗迹象，他们迅速装填了大量的高烈性炸药，准备提前消灭navi族人。于是，navi族人的反抗联盟和采矿公司的军队展开了血战，结果，navi族人反抗军最终打败了人类，而人类的军队指挥也被杀死，navi族人在杰克的帮助下，将遣送采矿公司全部离开潘多拉星球。在navi的精神领袖的带领下，navi族人用自己的感受器（辫子）与神树相连，借助神树的力量，将杰克·萨利的精神（灵魂）转移到他的阿凡达身上，杰克最终成为了这个星上navi人的领袖。故事到这里就结束了。

  电影结�