寺教团变成了强大的宗教王国，它的存在为争霸中的战国大名所不容。永禄6年(1563)三河国宗徒举行起义，反抗德川家康的苛虐，战斗坚持6个月，沉重打击了德川家康，据认为这是他一生中所经最严重的一次危机。本愿寺历届法主对宗徒起义一直持反对态度，讨好封建主，但当元龟元年(1570)织田信长迫使本愿寺教团决战，危机这个宗教王国存在时，第十一代法主显如光佐(1543－1592)便动员全体宗徒为保卫寺院而战。宗徒们在艰苦条件下把"石山战争"(1570－1580)坚持10年之久，天正8年(1580)战败，宗徒力量消失殆尽，接着，包括加贺宗徒领国在内的各地起义被逐个镇压下去。

  之后的数百年间，随着儒教的朱子学和西洋的天主教的传入，佛教渐渐衰亡变样。佛教本是一种追求彼岸世界的宗教，一切终生受到生即死、死即生的永世轮回规律的束缚，人的死只是反复无穷的六道(地狱、饿鬼、畜生、人、阿修罗、天界)生死轮回过程之一，而摆脱这种轮回的是涅盘。在当时幕藩制时代的社会里，人们强烈希望的是家庭这一集团的现世繁荣，从而导致崇拜祖先和祈求现世家庭成员的幸福，在这样的民众宗教面前，佛教屈服了，变样了。现在祖先被当作佛，从而被佛(祖先)保护的、祭祀佛(祖先)的家庭在教义上获得了重要的意义，这当然会受到以家庭为单位而成立的身份等级制社会－－国家的肯定，当时著名的僧侣，如曹洞宗的铃木正三(1579－1655)、净土真宗的浅井了意(－1691)等都宣扬孝敬父母和精励家业，这样，本来否定家庭的佛教在教义上彻底发生变化－－支持家庭和祖先成佛，构成了日本近代民众佛教的特征。