羌旧首领伊克和卓，又自加汗号，称“巴图尔汗”。波罗尼都劝阻霍集占：“我兄弟自祖父三世，俱被准噶尔囚禁。荷蒙天恩释放，仍为回部头目，受恩深重。若尔有负□□，任尔自为，我必不能听从”。霍集占固执己见，兄弟二人出现不和。

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  起兵后，波罗尼又屡次想投降清廷，霍集占坚决不肯。乾隆皇帝与大臣认为波罗尼都“颇图安静”，并无谋反之心，以至期望波罗尼都将霍集占擒获，并向清军投诚。大小和卓和清军有很多战役，最有名的便是黑水营之战。法蒂玛的哥哥和叔叔都在帮助清军和霍集占兄弟作战。霍集占休弃法蒂玛后，把她交别人看管，后来法蒂玛被清军和她的哥哥解救，送往京中内务府，入宫为妃。平定回部的大功臣是兆惠，他后来入主了紫光阁功臣第二位。平定大小和卓是清朝统一中国战争的最后一役，使天山南路复入中国版图。西域底定后，清代中国疆域的正西端延至帕米尔以西的喷赤河流域，版图臻于极盛。邻近新疆的浩罕、布哈尔、安集延、巴达克山、爱乌罕（阿富汗）、博洛尔、乾竺特（坎巨提）等部落遣使入贡，臣属于中国。自康熙时准噶尔东侵以来，持续七十余年的西北边患告终结。